Иногда бывает так, что Вы добавили в .gitignore все что необходимо игнорировать при коммитах. Сделали несколько коммитов и обнаружили, что некоторые файлы или папки тоже необходимо исключить из коммита, а добавление их в .gitignore никак не повлияло и этот "мусор" все равно продолжает мозолить глаза и отправляется в репозиторий. Для решения этой проблемы необходимо выполнить следующие действия:

Добавляем в .gitignore то что мы забыли исключить. Например папку test и файл test.php:

#...
/test
/test.php
#...

Открываем командную строку и переходим в папку с приложением. Например приложение у нас хранится в папке d:/web/home/example.local/www:

d:
cd web/home/example.local/www

Далее используем команду git rm --cached. Исключим папку test:

git rm --cached test -r

Ключ -r указывает на рекурсивное исключение.

И исключаем наш файл test.php

git rm --cached test.php

Теперь смело можете продолжать делать коммиты, больше Вас эти папки и файлы беспокоить не будут.