Устанавливаем bootBox.js (bootboxjs.com) с помощью composer, для этого открываем консоль, переходим в папку с проектом и запускаем следующую команду: 

composer require --prefer-dist bower-asset/bootbox "*"

Далее создаем файл с именем BootboxAsset.php рядом с AppAsset.php в папке assets вашего проекта, для подключения необходимых скриптов, со следующим содержанием: 

<?php

namespace app\assets;

class BootboxAsset extends \yii\web\AssetBundle
{

    public $sourcePath = '@bower/bootbox';

    public $css = [
    ];

    public $js = [
        'bootbox.js'
    ];

}

После чего, нам необходимо переопределить стандартный yii.confirm. Для этого создайте папку js (если ее еще нет) в вашем проекте @app/web/js, а в ней js файл yii.confirm.overrides.js со следующим содержимым: 

yii.confirm = function(message, ok, cancel) {
    bootbox.confirm(message, function(result) {
        if (result) { !ok || ok(); } else { !cancel || cancel(); }
    });
}

Далее добавим js файл в Yii2-asset-bundle. Для этого откройте @app/assets/AppAsset.php, добавьте в него js файл yii.confirm.overrides.js и зависимость BootboxAsset для подключения необходимых скриптов к сайту. Файл @app/assets/AppAsset.php будет выглядеть следующим образом: 

<?php

namespace app\assets;

use yii\web\AssetBundle;

class AppAsset extends AssetBundle
{

    public $basePath = '@webroot';
    public $baseUrl = '@web';

    public $css = [
        'css/site.css',
    ];

    public $js = [
        //js переопределяющий yii.confirm
        'js/yii.confirm.overrides.js',
    ];

    public $depends = [
        'yii\web\YiiAsset',
        'yii\bootstrap\BootstrapAsset',
        //импорт файлов BootboxAsset
        'app\assets\BootboxAsset',
    ];
}

На этом все. Давайте проверим, откроем любой список управления записями и нажмем удалить для вызова диалога подтверждения. До внесения изменений было так:

После того как мы подключили BootboxAsset:

Пример вызова confirm диалога для кнопки: 

<?php

use yii\helpers\Html;

//...

echo Html::submitButton(
    'Кнопка',
    [
        'class' => 'btn',
        'data-confirm' => Yii::t('yii', 'Вы точно хотите это сделать?'),
    ]
);

Пример описан для yii2 basic, но внедрить его для advanced шаблона не составит труда.

Видео дополнение к статье