Закрыть доступ к одной папке с помощью Nginx 

server {
    #...
    location ^~ /path/to/folder/ {
        deny all;
    }
    #...
}

Закрыть доступ к нескольким папкам с помощью Nginx

server {
    #...
    location ~* ^/(folder_1|folder_2)($|\/) {
        deny all;
    }
    #...
}

После внесения изменений в конфигурацию сайта не забудьте перезапустить Nginx: 

service nginx reload

или

service nginx restart