При работе в Linux иногда требуется сменить права для файлов в проекте, при этом такие файлы попадают в список модифицированных файлов в системе контроля версий git, хотя исходный код не изменился, а были изменены права доступа к файлу (chmod). Для решения данной проблемы необходимо выполнить следующую команду находясь в папке проекта: 

git config core.fileMode false

Тоже самое можно сделать для всех репозиториев текущего компьютера:

git config --global core.filemode false